原作（コミック版）との違い

APPLESEEDの原作（コミック版）は現在も未完、そのため映画版のような結末はまだえがかれていない。それもで、いくつかのシーンや台詞は映画版でも効果的に利用されていたと想う、原作との最大の違いは、原作版ではバイオロイドと人間との間では直接の対立は明示的にあがかれていないこと、オリンポスの外側の世界が描かれていること（原作では、アメリカ、ソ連、フランス、中東などでいつくつかの勢力が存在し、オリンポスの地位および技術をねらい暗躍する構造がえがかれている、映画版でいうオリンポス正規軍に当たる役割をFBI、CIA、モサドといった外の軍事勢力がになっているともいえる。
イノセンスの方は、原作　攻殻機動隊のいくつかのエピソードを組み合わせで映画版の脚本が構成されているが、一番のちがい、コアになった、アンドロイド暴走時点では当然であるた、アンドロイドと対峙するのは、素子である、体のほとんどを擬体化（しかも政府からの官給品）である素子が人間であるという感覚（作品中ではゴーストがささやくと表現されていた）とゴーストダビングされた少女との対比のなかで、アンドロイド（人形）とサイボーグ（人間）の境目に焦点があたっていたが、イノセンスではすでに素子は電網の中に飛び込んでいってしまい、アンドロイドと直接対峙する役割をバトーにゆずってしまっている、この変更により、イノセンスでは、人（犬？）人形との間の対立がより複雑にからみあって独自の世界を構築しているといえる。